В соответствии с абз. 2 п. ст. 80 НК РФ налоговая декларация представляется каждым налогоплательщиком по каждому налогу, подлежащему уплате этим налогоплательщиком, если иное не предусмотрено законодательством о налогах и сборах.

Согласно п. 5 ст. 174 НК РФ налогоплательщики (в том числе являющиеся налоговыми агентами), обязаны представлять в налоговые органы по месту своего учета налоговую декларацию по установленному формату в электронной форме.
Помимо названных лиц, налоговую декларацию по НДС обязаны представлять следующие организации:
- не являющиеся налогоплательщиками или освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога - в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога;
- реализующие товары (работы, услуги), операции, по реализации которых не подлежат налогообложению - в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога.
Положения, касающиеся представления налоговой декларации налогоплательщиками при реализации товаров (работ, услуг), операции, по реализации которых не подлежат налогообложению, являются специальными по отношению к прочим категориям налогоплательщиков.
При этом налоговая декларация по НДС на бумажном носителе представляется только налоговыми агентами, не являющимися налогоплательщиками НДС или являющимися налогоплательщиками НДС, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (абз. 2 п. 5 ст. 174 Кодекса, см. <Письмо> ФНС России от 30.01.2015 N ОА-4-17/1350@ "Об особенностях представления деклараций по НДС").

Таким образом, по мнению Юридической службы Московской Патриархии, в случае осуществления религиозными организациями-налогоплательщиками реализации товаров (работ, услуг), операции, по реализации которых не подлежат налогообложению (если при этом названные организации не выставляли покупателям счета-фактуры с выделением сумм налога), представление налоговой декларации по НДС в электронной форме или на бумажном носителе не предусмотрено законом (см. также <Письмо> ФНС России от 22.08.2014 N СА-4-7/16692 <0 применении отдельных положений Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации">, разъяснение к п. 23 относительно привлечения к ответственности за непредставление налоговой декларации).

Необходимо иметь в виду, что в соответствии с пдп. 1 п.З ст. 169 НК РФ при осуществлении операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со ст. 149 НК РФ, налогоплательщики не обязаны составлять счета-фактуры.

Религиозные организации также вправе получить освобождение от исполнения обязанности налогоплательщика НДС в порядке статьи 145 НК РФ, если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг', этих организаций без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей. Для этого необходимо представить соответствующее письменное уведомление и документы, которые подтверждают право на такое освобождение, в налоговый орган по месту своего учета.
Указанные уведомление и документы представляются не позднее 20-го числа месяца, начиная с которого эти лица используют право на освобождение.
Документами, подтверждающую соблюдение названных условий организациями, являются выписка из бухгалтерского баланса и выписка из книги продаж (п.6 ст. 145).
Однако, следует иметь ввиду, что у религиозных организаций книги продаж может и не быть, с учетом того, что согласно подпункту 1 пункта 3 ст. 169 НК РФ лица. осуществляющие операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со статьей 149 настоящего Кодекса, не обязаны вести книгу продаж.
Лица, освобожденные от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, не представляют налоговую декларацию по налогу, кроме случаев, предусмотренных пдп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ и абз. 2, 3 п. 5 ст. 174 НК РФ:
- при выставлении покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога (декларация представляется на бумажном носителе);
- если лицо является налоговым агентом (декларация представляется на бумажном носителе);
- при выполнении функций застройщика (декларация представляется в электронной форме);
- при выставлении и (или) получении счетов-фактур при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, предусматривающих реализацию и (или) приобретение товаров (работ, услуг), имущественных прав от имени комиссионера (агента), или на основе договоров транспортной экспедиции (если при определении налоговой базы в порядке, установленном главами 23, 25, 26.1 и 26.2 НК РФ, в составе доходов учитываются доходы в виде вознаграждения при исполнении договоров транспортной экспедиции) (декларация представляется в электронной форме).